Sonic a trópusi Seholföldén találkozik egy barátságos kalózbandával, melynek titokzatos kapitánya nagyon szeret bulizni.

Sonicnak le kell győznie a barátait rettegésben tartó dzsungelszörnyet és megszereznie a nagy erejű prizmaszilánkot, csak így juthat vissza a megfelelő dimenzióba.

Az ellenállók összecsapnak a Káosztanáccsal a prizmaszilánkok megszerzéséért. Sonic megdöbbentő felfedezést tesz a világot szétzúzó eseményekről.

A Paradoxonprizmával történt ütközés után Sonic egy párhuzamos világ Tyúk York City városába kerül, ahol a szürkeség mégis valahogy ismerősnek tűnik.