A Föderáció és a Klingon Birodalom a háború küszöbén áll, miközben Kirk egy szerény bolygó után nyomoz – a pacifisták által lakott Organián.

Az Enterprise legénysége a paradicsom csapdájába esik, amikor megmenti azokat a telepeseket, akik beleestek az idegen spórákba és maguk is megfertőződtek.

Az Enterprise összegyűjti a 20. századi genetikai szuperemberekből álló legénységet… de vezetőjük, Khan egy új birodalom létrehozását tervezi.