Kirknek és Spocknak a múltba kell utazniuk, hogy kijavítsák a történelmet megváltoztató eseményt.

Az Enterprise összegyűjti a 20. századi genetikai szuperemberekből álló legénységet… de vezetőjük, Khan egy új birodalom létrehozását tervezi.

Az Enterprise összeütközik egy fekete lyukkal, és visszakerül a 20. századi Földre. Ott meg kell találniuk a visszautat, és el kell törölniük jelenlétük minden nyomát.