Michael új részleteket tud meg a Kiégésről, majd küldetésre indul. Találkozik a családjával, és fény derül a vulkániak, a romulánok, valamint testvére, Spock sorsára is.

Miután Mulder megkapja négy teljesen egyforma férfi gyászjelentését, felveszi vele a kapcsolatot egy rejtélyes CIA ügynök, aki szerint egy férfi megpróbálja megakadályozni a klónok elterjedését a világon.

A vadász elrabolja Scully-t, és el akarja cserélni Mulder testvérére, akiről kiderül, hogy egy klón. Miután az üzlet meghiusul és Mulder rájön, hogy Samantha csak egy klón, felkeresi a vadászt.