Kirknek és az Enterprise-nak meg kell küzdenie a parazita idegenekkel.

Kirk és Spock találkozik egy Lázár nevű idegennel, aki azt állítja, hogy egy antianyag-univerzumból származik.

A Föderáció és a Klingon Birodalom a háború küszöbén áll, miközben Kirk egy szerény bolygó után nyomoz – a pacifisták által lakott Organián.

Kirk egy bányászbolygón történt szörnyű gyilkosságsorozat után nyomoz, amelyek egy ellenségesnek tűnő idegen lény műve.

Az Enterprise legénysége a paradicsom csapdájába esik, amikor megmenti azokat a telepeseket, akik beleestek az idegen spórákba és maguk is megfertőződtek.

Az Enterprise megérkezik egy bolygóra, hogy diplomáciai kapcsolatokat létesítsen, és egy “békés” háború kellős közepén találja magát, amely a hajó elpusztításával fenyeget.

Az Enterprise összegyűjti a 20. századi genetikai szuperemberekből álló legénységet… de vezetőjük, Khan egy új birodalom létrehozását tervezi.

Az Enterprise találkozik egy békésnek tűnő civilizációval, amelyet egy Landru nevű “jóindulatú” lény irányít… aki azt akarja, hogy csatlakozzanak a népéhez.

Amikor egy titokzatos idegen faj elpusztít egy földi kolóniát, az Enterprise üldözi, de Kirket és a másik kapitányt erős idegenek arra kényszerítik hogy megküzdjenek egymással.

Spock egy rekedt csapatot irányít, amikor űrsiklójuk egy bolygón rekedt ellenséges bennszülöttekkel.

Kirk szembeállítja az Enterprise-t egy láthatatlan űrhajóval, amely a szövetség védelmét teszteli.

Kirk az egyik utolsó túlélő, aki képes azonosítani egy tömeggyilkost, aki egy Shakespeare-csoport között lapul az Enterprise fedélzetén.

Spock bírósági tárgyalása folytatódik, miközben megpróbálja igazolni Pike elrablását, az Enterprise ellopását, és a Csillagflotta által betiltott bolygó felé tartott.

Az Enterprise egy hatalmas idegen hajóval találkozik, amely megpróbálja őket tesztelni.

Az Enterprise felvesz egy intergalaktikus ördögöt, Harry Muddot és három hihetetlenül gyönyörű nőt, akik egy sötét titkot rejtenek magukban.

Egy furcsa idegen anyag hatására a legénység kifejti legmélyebb gátlásait, miközben a hajó lezuhan a pályáról.

Kirk kapitánynak meg kell találnia egy 17 éves fiú erejének korlátait, aki képes bármit létrehozni és elpusztítani.